PHP ist ne Serverseitige Sprache, d.h. wird zuerst auf dem Server verarbeitet und dann an den Client zurückgegben, also nach der verarbeitung... dann kommt nur noch HTML zurück ...
Dagen ist JavaScript eine Client-Seitige Sprache, die bereits beim Client ausgeführt wird und nicht erst zum Server muss zur verarbeitung ;), darum steht die auch im Quelltext.