Lade mal eine leere .htaccess hoch.
Ich hatte oft in der Vergangenheit das Problem dass CMS eine .htaccess generierten, welche dann nach der Deinstallation eine Fehlermeldung verursachten.
Wenn es nicht klappt: stopp Apache, lösch den gesamten Webordner wo die Installation drin lag, leg den Ordner neu an (Rechte richtig setzen!!!) und starte Apache neu. Dann sollte es auf jeden Fall funktionnieren.
BTW: ein Script kann nie Apache/PHP zerstoeren oder seine Umgebung zerhacken,sondern nur mit sinnlosen Kommandos in der htaccess (zb) apache dazu bringen einen 500 auszuspucken...
<joke>
Ich schliess mich RMB an:
=> UNter Windows ist apache als "unstable" gekennzeichnet weil sie es noch nie mehr als 3Tage im Dauerbetrieb testen konnten - danach kam immer ein Bluescreen 
</joke>
Meine Meinung: versuch fuer Website-Server sofern moeglich immer Linux zu nutzen (.net Framework: versuch "mono") da es bedeutend sicherer und stabiler ist (und billiger...)