Irgendwo muss der Inhalt ja hin, wenn du die Seite verkleinerst. Von daher ist das Verhalten normal.
Deine Navi hat eine fixe Breite. Der Content passt soch dem restlichen Platz an. Reicht der nicht aus, z.B. um die enthaltene Tabelle darzustellen, wandert der Content nach unten bzw. man muss scrollen.
Du könntest ein äußeres fixes Layout verwenden, wobei du wie angedacht die Breite begrenzt. Das macht die Konzeption und Gestaltung planbarer.
In diesen "wrapper" setzt du dann die Navi und den content rein. Positionsangaben lass besser weg, da bekommst du ähnliche Probleme. Arbeite besser mit float und margins. Wenn der wrapper zu groß für das Browserfenster ist, muss man scrollen, aber es wird immer alles gleich dargestellt.
Als Basis könntest du dieses Layout verwenden und in den div #center dann Header, Navi und Content reinpacken.