Ich versuche mal das zu beantworten, was ich kann:
Beim Doctype solltest du unbedingt die DTD-URL angeben. Andernfalls befindet sich der IE im Quirksmode und stellt das CSS-Boxmodell nicht richtig dar.
Wenn es dir im FF "falsch" vorkommt, dann ist es dein subjektives Empfinden.
Versuche also, dass die Seite im FF nach deinen Vorstellungen "richtig" angezeigt wird und passe den Rest evtl. speziell für den IE an.
Wenn du Prozentangaben verwendest, dann brauchst du hierfür einen Bezug. Das ist normalerweise der body.
Definiere also
body {height: 100%; width: 100%; margin: 0; padding: 0;}
Auf absolute Angaben solltest du verzichten, wenn es nicht vom Design her angebracht ist. Das brauchst du idR nur für gezielte Anordnungen. Arbeite besser mit margin und float.
Strict entfernt keine Befehle. Es ist lediglich die Auszeichnung bei einigen elementen etwas anders und manche Angaben sind als unzulässig definiert.
Der Trans ist m.E. etwas flexibler. Das hat mit der Darstellung der Seite selbst aber nichts zu tun. http://de.selfhtml.org/html/xhtml/unt…htm#dokumenttyp
Nimm also mal die o.g. Body-Angabe in die CSS rein und verwende beim Doctype die DTD-URL.
Verzichte auch auf eine solche erste Zeile, das dies wieder den Quirksmode verursacht: