@thonixx, PHP generiert von sich aus gar nichts. Man kann zwar generatoren damit bauen, aber das ist nebensache.
Nun, zu den Fragen.
Du kannst deine Seite komplett mit HTML bauen, auch .html als Endung verwenden - nur brauchst du eben bei der Seite die ausgeführt werden soll (z.B. eben die index.php) auch die Endung php - sonst kannst du kein include verwenden. Du kannst dein HTML auch ohne eine Endung abspeichern, PHP ist das egal.
Letztendlich wird der Inhalt der Datei 1:1 ausgelesen und interpretiert, wenn PHP code drin ist, wird der auch ausgeführt.
Z.B.
//test.php
<?php
include "test";
?>
//test ohne Endung
<?php
echo "hi";
?>
<h1>geht doch</h1>
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Wenn du test.php ausführst, wird "test" genau so ausgefüht, als wäre es eine PHP datei - es empfiehlt sich trotzdem die Endungen richtig einzusetzten. Wenn eine Seite reines HTML beinhaltet, schreibs als Endung hin. Wenn php dabei ist - schreib eben .php. Damit gewinnst du ne bessere Übersicht.
Das einzige worauf du achten musst bei den Endungen ist letztendlich, dass dateien die tatsächlich aufgerufen werden (mit einem Link z.B.) die richtige Endung haben. Sonst reagiert die PHP Software darauf nicht. Bei includes ist es wie gesagt egal.
So könnte deine index.php aussehen:
<?php
include "header.html";
include "home.html";
include "footer";
?>
In den einzelnen Dateien eben die Endungen, wenn dazu eine weitere Unterseite kommt, includest du eben statt home.html eine andere Datei in der dein Inhalt drin steht.
Ist natürlich nur ne grobe und einfache Vorgehensweise - aber erstmal reicht das denke ich 
//p.s. es ist zwar möglich (und meist normalfall), das alles über eine index.php läuft und man die Unterseite übergibt.. Aber du hast ja von Suchmaschinen gesprochen - um das suchmaschinenfreundlich zu machen, muss man sich mit .htaccess und rewrite Regeln befassen. Ich denke das muss bei deinem Stand noch etwas warten ;D